Die Klosterkirche ist eine barocke Hallenkirche mit schmalen Seitenschiffen. Der Hochaltar mit seinem kolossalen, spätbarocken Aufbau beherrscht das Innere des Gotteshauses. Zu beiden Seiten des Altarbildes die überlebensgroßen Statuen Joachims und Annas, der Eltern der Mutter Gottes. Darüber rechts der hl. Bernhard von Clairvaux, der zweite Ordensgründer des Zisterzienserordens. Links Abt Stephan von Citeaux, der St. Bernhard zur Gründung des Klosters Clairvaux ausgesandt hat.
Im Chorraum das spätbarocke Chorgestühl, eine Schnitzarbeit mit hohen Rückenwänden mit Nischen und Säulen. Die Bilder in den Aufsätzen verweisen auf das Chorgebet der Mönche, wie überhaupt die meisten Fresken in der Kirche über das Leben des hl. Bernhard von Clairvaux und seinem Orden berichten.
 
Das Hochaltarbild stellt die Aufnahme Mariens in den Himmel dar, umstellt von den Aposteln, die staunend das unbegreifbare Geschehen bewundern. Patrozinium der Kirche ist deshalb der 15. August, das Fest "der leiblichen Aufnahme Mariens in den Himmel" und daher trägt die Kirche auch den Titel "Unsere Liebe Frau zu Pielenhofen".

Vor dem Chorraum zwei eingeschobene, das Chorgestühl verdeckende Seitenaltäre, die mit dem Hochaltar optisch eine Bilderwand ergeben: links der Kreuz-, rechts der Weihnachtsaltar mit Darstellungen der vom hl. Bernhard besonders geliebten Geheimnisse. Ziel vieler Wallfahrten aus der Umgebung ist das Gnadenbild im rechten Seitenschiff, ein Ecce-homo-Bild eines unbekannten Meisters. Es stammt aus dem Privatbesitz der Münchner Bürgerstochter und späteren Karmelitin Maria Anna Josefa Lindmayr (1657-1726). Im linken Seitenschiff befindet sich der Totenaltar mit einer Pieta aus Stuck, darüber die Darstellung des Todes des hl. Josef , im rechten Seitenschiff ein Marienaltar.

Die Deckengemälde vom Konstanzer Maler Jacob Carl Stauder (1694-1756) sind der Dreifaltigkeit gewidmet:
a.) die Auferstehung Christi (mit den Zeugen der Engel, der Wächter, der 3 Frauen), in den Zwickeln die 4 Evangelisten;
b.) die Sendung des Hl. Geistes, dei Gründung der Kirche (Kuppel im Anklang an St. Peter, Rom), in den Zwickeln die 4 abendländischen Kirchenväter als Zeugen der Tradition;
c.) Gott Vater (mit Abraham, David, Jakob und Engeln), in den Zwickeln die Propheten Moses, Jeremias, Isaias und Daniel.
Im Altarraum ist die im Weltgericht erscheinende Maria Apocalyptica (mit St. Michael) dargestellt.
Die Kirche weist eine reiche Stuckdekoration auf mit reizvollem blassrosa Grund, in Stuck und Farbe das aufblühende Frührokoko.

Das Leben des hl. Bernhard behandeln 24 kleine Bilder, unter den Galerien.

Der Barockmaler Johann Gebhard von Prüfening schuf die 12  überlebensgroßen Apostelbilder, die die Verbindung der Kirche zur apostolischen Tradition bekunden. Es handelt sich um hervorragende Gemälde, die unter Verzicht auf alles unnötige Beiwerk das Augenmerk auf die Gestalten der Dargestellten lenken: eindrucksvolle Charakterisierung, kühner Faltenwurf der Gewänder. Im linken Seitenschiff: Petrus und Andreas, Johannes, Bartholomäus, Matthias und Judas Thaddäus. Im rechten Seitenschiff: Paulus und Jakobus, Philippus, Thomas, Simon und Matthäus.

Außen an der Kirche über dem Hauptportal thront Christus der "Salvator mundi" (Retter, Erlöser der Welt). Christus breitet seine Hände über unser Dorf Pielenhofen, über unsere Heimat und unser ganzes Land und segnet alle, die bei ihm Zuflucht suchen. 

"Wenn Pielenhofen auch im Laufe der Jahrhunderte nie zu der Bedeutung der großen bayerischen Cisterzen gelangte, so hat dieses Kloster, in dessen Mauern seit 1245 mit ganz geringen Unterbrechungen das monastische Leben bis heute andauerte, im 18. Jahrhundert in seiner Klosterkirche ein Kunstwerk erhalten, das sich würdig in den Kreis der bayerischen Klöster einfügt. Hier im Tal der Naab wirken Natur und Kunst eindrucksvoll zusammen.
Als Niederlassung des Zisterzienserordens im Laufe der Jahrhunderte, als beliebter Ausflugsort, als gern besuchte Wallfahrtskirche und als Bildungsstätte ist Pielenhofen auch heute von Bedeutung."